Derartige Gerüche sind fast immer auf Feuchteeinbrüche zurückzuführen. Zur Geruchsermittlung wird dann meist auch eine Baufeuchtemessung mit zerstörungsfrei messenden Geräten durchgeführt. Damit können feuchte Stellen an Decke, Wand oder Boden recht zügig ermittelt werden.

Durch Feuchte entstehen schon nach 2-3 Tagen Bakterien- oder Pilzbefall an durchfeuchteten Stellen. Bakteriengerüche sind oft modrig- faulig, während Pilzgerüche einfacher zugeordnet werden können.  Bakterien benötigen in der Regel wesentlich mehr Wasser zum Wachstum, während Pilze meist bei klammer Feuchte (geringerer Wasserverfügbarkeit) schon existieren können. Ein Pilzwachstum ist schon ab 70% Wasserverfügbarkeit möglich.

Stechender Pilzgeruch kann auch auf Kondensation der Luftfeuchte an kalten Raumoberflächen erfolgen. Dabei muss gar kein Wasser fühlbar sein, da schon 70% Feuchte der Baumasse zum Pilzwachstum ausreichen. Der Suche nach kalten Raumteilen kommt daher ebenfalls besondere Bedeutung zu. Solche Stellen können mit Temperaturmessungen (wie zum Beispiel thermografischen Verfahren) ermittelt werden.

Feuchte- und Muffgeruch werden häufig in Wohnungen wahrgenommen und deuten fast immer auch auf Feuchteeinbrüche hin. Verantwortlich sind meist eine Pilzbildung oder Bakterienbesatz an der Baumasse.  Feuchteschäden findet  man häufig schlecht. Helfen kann da eine Feuchemessung  an der Bausubstanz.Mit nicht zerstörenden Methoden wird die Feuchte der Wände und des Bodens ermittelt. So kommt man im allgemeinen der Stelle, an der es feucht geworden ist und von wo der Geruch stammt, schell auf die Spur. Viele Architekten und Ingenieurbüros haben geeinete Geräte.

Unsere Nase ist sehr empfinlich bezüglich der Pilzen entgehenen Emissionen. Solche Muffgerüche können schnell als Pilzgerüche identifiziert werden. Das liegt an den typischen Stoffwechselprodukten, die Pilze an die Luft abgeben (sog. MVOCs).

Für einen Bakterienbesatz muss es gewöhnlich sehr feucht werden, während für einen Schimmelbesatz schon eine klamme Feuchte (geringe Wasserverfügbarkeit) ausreicht.  Bakterielle Gerüche "stinken" meist deutlich mehr und riechen oft "modrig". 

Bei Geruchsermittlungen sollte auch geprüft werden, ob Verbindung zur Außenluft besteht. Solche Luftübergänge werden bei Geruchsermittlungen von uns recht häufig gefunden. Ein Erdgeruch, der einströmt, ist dann häufig nicht von Muffgeruch durch Pilzbildung zu unterscheiden.

Veranwortlich dafür sind Geruchstoffe wie zum Beispiel Geosmin. Dieses wird durch bakteriellen und Pilzzersatz im Boden gebildet und verursacht den typischen Erdgeruch, wie er auch auf frisch gepflügten Äckern wahrgenommen werden kann.